Matthias Nethenus1 is op 27 oktober 1618 te Süchteln geboren als zoon van Johann Nethenus en zijn jong gestorven vrouw Katharina Wimmers. Johann hertrouwt rond 1625 de domineesdochter Anna Neomagus. Matthias krijgt van haar vier stiefbroers.

Matthias bezoekt de Latijnse scholen van Rees en Wesel en de academie (universiteit) van Harderwijk. Hij volgt zijn leermeester Hendrik van Diest naar Deventer (1640) en voltooit zijn academische studie in Utrecht (1643). Hij is een geliefd leerling van de hoogleraar Gijsbertus Voetius. Matthias Nethenus is vanaf 1642 proponent, aspirant-dominee, demonstreert zijn predikgaven in tal van gemeenten in het Utrechtse, mede in quaet weer en wintertijden, maar krijgt geen standplaats. Dat is misschien ook niet zijn bedoeling; hij wil zich verder in de theologie bekwamen.

Verschillende malen disputeert Matthias onder zijn leermeester, met andere woorden dat hij deelneemt aan wetenschappelijke redetwisten waarbij hij het standpunt van Voetius verdedigt. In 1645 promoveert Matthias tot magister, de hoogste graad in de theologie en het kerkelijk recht, en in 1646 krijgt hij een beroep tot predikant in Kleef. Hij werkt hier acht jaar als magister-pfarrer tevens als rector van de Latijnse scholen. Dan haalt Voetius hem terug naar Utrecht, waar een vacature bestaat.

In april 1654 aanvaardt hij een professoraat in de theologie aan de hogeschool van Utrecht, op 26 mei houdt hij zijn inaugurale rede en op 30 mei van dat jaar promoveert Matthias tot doctor in de godgeleerdheid na het houden van een disputatie over transsubstantione, waarover hierna meer. Onder Voetius en Nethenus is de faculteit gericht op de conservering van de gereformeerde waarheid en op de bestrijding van roepende zonden en de bevordering van de gereformeerde zede.

In 1660 brengt Matthias Nethenus op verzoek van de magistratuur van Utrecht als onpartijdig beoordelaar een advies uit over het gebruik van de geestelijke goederen die na de hervorming aan de overheid zijn gekomen. Het leidt tot een rel, waarbij Matthias een pamflet uitbrengt met zeer beledigende taal. Deze scheldpartij loopt de spuigaten uit, zelfs in een eeuw waarin ook de beroemdste geleerden veel en vinnig op elkaar afgeven.2 Hij wordt gezien als een instrument van de duivel, een pseudo-profeet. Voetius distantieert zich van Nethenus.

De Utrechtse vroedschap oordeelt de klachten gegrond en ontslaat hem, met een kleine meerderheid, op 10 april 1662 als hoogleraar, een unieke maatregel in de geschiedenis van de universiteit. Nog in 1668 stelt een commissie vast dat de pen van Nethenus niet minder scherp is geworden. Matthias is het slachtoffer van zijn ijveren voor de al te zeer met zijn eigen inzichten vereenzelvigde zaak Gods.3

Hoewel graaf Johan Maurits van Nassau twijfelt aan de capaciteiten van Matthias Nethenus om als hoogleraar op te treden, is de hogeschool van Herborn gelukkig hem in 1669 aan zich te verbinden, na een eerdere poging in 1654. Met zijn komst begint de hogeschool op te bloeien. Ook is hij in Herborn predikant en inspecteur voor kerk en school in Nassau-Dillenburg. Herborn ligt bij Dillenburg, geboorteplaats van enkele Oranjes, en krijgt al in 1584 een calvinistische academie van Jan de Oude, broer van Willem van Oranje. Herborn groeit uit tot een centrum van hoogwaardig gereformeerd onderwijs.4

Nethenus kan het ook in Herborn niet laten. Een in 1674 ondernomen poging tot vernietiging van het Utrechtse vonnis, is vergeefs. Hij mengt zich met geschriften in uiteenlopende twisten: over een boek van de Amsterdamse geneesheer Meijer en over een geschrift van de Utrechtse predikant Wolzogen. In Spa neemt hij persoonlijk deel aan een twistgesprek met de kapucijnermonnik Joseph van Lens over de transsubstantiatie, het dogma van de katholieke kerk dat zegt dat brood en wijn tijdens de eucharistie door de woorden van de consecratie veranderen in het lichaam en bloed van Christus. Nethenus kent Van Lent omdat die hem van repliek dient na zijn promotie over hetzelfde onderwerp in Utrecht.

Matthias Nethenus blijft ongehuwd en sterft in Herborn op 9 oktober 1686. De hogeschool van Herborn koop zijn uitgebreide bibliotheek aan voor 750 gulden, 250 gulden minder dan Nethenus bij testament bepaalt. Die bibliotheek is nu in te zien in het Theologisch Seminar Herborn. Zijn correspondentie, nu in bezit van de Hessische Landesbibliotheek in Wiesbaden, getuigt van een intensief contact met allerlei geleerden. Evenals zijn vader en zijn broer Samuel, beoefent Matthias graag de Latijnse poëzie.